Unternehmen mit negativen Überschüssen stellen bei der Unternehmensbewertung eine Besonderheit dar. Gesamtbewertungsverfahren können hierbei keinen richtigen Unternehmenswert ermitteln. Hingegen würden Einzelbewertungsverfahren auch scheitern. Würde man zum Beispiel zu Liquidationswerten bewerten, wäre ein Unternehmen, welches in den nächsten ein zwei Jahren negative Überschüsse erzielt, danach jedoch wieder in die Gewinnzone kommt, massiv unterbewertet.
Bei der Bewertung von Unternehmen mit negativen Überschüssen ist vor allem der Bewertungsanlass von Bedeutung. Je nach Anlass wird ein anderes Bewertungsverfahren gewählt. Zusätzlich muss man sich noch die Frage nach der Kapitalbeschaffung stellen. Meist brauchen Unternehmen, welche keine positiven Überschüsse erzielen, zusätzliches Eigenkapital. Auch dies muss in die Berechnung mit einfließen.
Je nach Unternehmensbewertung (objektiver, subjektiver) kann ein Risikoabschlag bzw. Risikozuschlag vom Kalkulationszinssatz eine sinnvolle Grundlage für die Berechnung darstellen.